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Der Zoo wurde 1790 im Zuge der französischen Revolution gegründet und übernahm teilweise die Tiere aus der Menagerie Louis des XIV. Andere Quellen nennen als Gründungsjahr 1793 / 1794.

Das Naturhistorische Museum, welchem der Zoo angeschlossen ist, wurde 1792 gegründet, eine andere Quelle nennt den 10. 06. 1793.

Der große Rundbau für Elefanten, Flußpferde und Strauße wurde im Jahre 1802 oder 1804 als Raubtierhaus begonnen. Nach 2 Jahren Bauzeit wurde erkannt, das der geplante Bau nicht für Raubtiere geeignet war. Es gab dann eine 4 jährige Baupause. Danach wurde die Pläne geändert, so das ein Haus für große Pflanzenfresser entstand. Fertigstellung 1812.

Nach einer Quelle traf bereits im April 1852 ein Flußpferd ein.

Manche Quellen berichten von der Ankunft eines Pärchen 1853.

Zeitweise durften die Flußpferde auch in der Seine baden.

Das Innenbecken war 2 m tief und wurde im Winter auf 12 Grad Celsius geheizt. (Stand 1854). Ein Außenbecken war zu der Zeit nicht vorhanden, im Sommer wurde zeitweise das Außenbecken der Elefanten im Schichtdienst genutzt.

Für die Ankunft von Bichette / Mathilde wurde ein neues Becken gegraben.

Im September 1855 wurde ein großes Innenbecken gebaut, welches heizbar ist.

Coco griff Bichette / Mathilde nach dem zusammen lassen an, so wurden die Hippos zuerst getrennt gehalten.

1859 wurde der Elefantenbullenstall zu einem Badebecken für die Flußpferde umgebaut, weil das ersten Becken besonders für Jungtiere nicht geeignet war.

Im Sommer 1870 entwich ein Flußpferd, als es wegen Wasserknappheit in der Seine baden durfte. Es wurde in der Nähe von der Pont d Austerlitz wieder eingefangen.

Im Krieg 1870/71 waren die Flußpferde zur Schlachtung freigegeben, um die Bevölkerung versorgen zu können. Glücklicherweise wurde die Maßnahme nicht umgesetzt.

Eine Quelle berichtet von einem (Baby)-Flußpferd Baptiste, welches sich im strengen Winter 1890/1891 Frostbeulen zuzog, wie auch Bichette / Mathilde. Nähere Angaben zu Baptiste liegen leider nicht vor.

Am 29. 07. 1896 wurden Matilde und Kako erstmals zusammen gelassen.

1910 wurde die Menagerie überschwemmt. Laut einem Zeitungsbericht lebte zu der Zeit nur ein Flußpferd dort, welches nicht aus der Rotunde herausgeholt werden konnte, aber mit der Abkühlung des Bedewassers durch die Fluten zurecht kam.